Doctora en Bioquímica por la Universidad de Navarra (2005). Su tesis doctoral fue galardonada por la Real Academia de Doctores de España. Realizó una estancia pre-doctoral en la Universidad de California en Davis (UCDAVIS) gracias al programa «Fulbright» y a la subvención que recibió de Fundación Empresa-Universidad y la Cámara de Comercio de Navarra. Tras la obtención de su doctorado, la Dra. Pérez Matute realizó una estancia post-doctoral en el laboratorio de Fisiología Integrativa de la Universidad de Oxford (Reino Unido) becada por La Fundación. Además, durante dicha estancia, la Dra. Pérez-Matute también fue galardonada con la Beca Robert Turner del Green College de Oxford.
En octubre de 2007 se incorporó a la Facultad de Farmacia de la Universidad de Navarra en calidad de Profesor Ayudante Doctor. En 2008 fue elegida, en un proceso de selección llevado a cabo por un comité internacional, para participar en el programa titulado ‘14th European Nutrition Leadership Programme Seminar’, celebrado en Luxemburgo, cuyo objetivo es contribuir al desarrollo de futuros líderes en el campo de la nutrición humana y metabolismo en Europa. En abril de 2009 se incorporó a la Unidad de Enfermedades Infecciosas, Microbiota y Metabolismo del CIBIR, en Logroño. Actualmente desarrolla su actividad como Responsable de dicha Unidad. Es también Profesora de Fisiología y Bioquímica del Grado de Enfermería de la Universidad de La Rioja y colabora con el Máster de Química y Biotecnología (Universidad de La Rioja) y el Master Europeo en Ciencias de la Alimentación, Nutrición y Metabolismo (Universidad de Navarra). Tiene la acreditación por la ANECA de Profesor Titular (2015), Profesor Contratado Doctor, Profesor de Universidad Privada y Profesor Ayudante Doctor (2009). La Dra. Pérez-Matute posee la acreditación de tipo C y B para la experimentación animal. Es directora de la revista de ciencias naturales «Zubía». Ha participado como “Abstract Mentor Programme” en varios congresos del área de enfermedades infecciosas (años 2016 y 2017). Del mismo modo, ha sido tutora de la beca de formación ADER financiada con fondos europeos (Programa Operativo Regional FSE 2007/2013) y de la beca de formación de tecnólogos para el proyecto proyecto 155/02/02 (04-04-2008-31-03-2009).
Como resultado de su carrera científica, ha publicado más de 40 artículos científicos, varios capítulos de libros y más de 80 comunicaciones en congresos nacionales e internacionales; ha participado en 20 proyectos nacionales e internacionales y ha supervisado varias tesis de máster y tesis doctorales.